Es autor de media docena de libros. A destacar El jainismo (2001), la primera monografía en español dedicada a esta religión de la India. Es autor también de Índika, subtitulado "Una descolonización intelectual: reflexiones sobre la historia, la etnología, la política y la religión en el Sur de Asia". Anclado en una sensibilidad postcolonial y pluralista, Agustín Pániker muestra en este texto cómo la India y Occidente se moldearon concatenadamente, y cómo los propios indios reinscribieron e hibridaron las narrativas, categorías y desarrollos de la modernidad. El propósito de Pániker es, pues, el de una descolonización de los clichés, tópicos y narrativas que pueblan nuestro entendimiento del mundo índico. Es un intento de neutralizar la agresiva visión occidental de la modernidad, mostrando que existen otras formas de ver, estar y entender el mundo.